این ستاره سابق صرب 41 ساله که در فاصله سال‌های 2004 تا 2013 برای اینتر توپ زد، به عضویت کادر فنی آکادمی باشگاه اینتر درآمده و قرار است که روی حوزه تکنیک فردی بازیکنان جوان باشگاه تمرکز داشته باشد و به پیشرفت آنها کمک کند.

به این ترتیب او می‌‌تواند از نزدیک بر روند پیشرفت فرزند 17 ساله خود فیلیپ که عضو آکادمی باشگاه اینتر و دروازه‌بان تیم پریماورا (جوانان) این باشگاه هست، نظارت داشته باشد.

استانکوویچ پیش از آویزان کردن کفش‌هایش در اینتر در تابستان سال 2013 بازنشسته شد و به‌عنوان دستیار آندره‌آ استراماچونی در کادر فنی تیم فوتبال اودینزه (فصل 15-2014) مشغول به کار شد. او فصل بعد از آن به‌عنوان مسئول هماهنگ‌کننده در باشگاه اینتر مشغول به کار شد، اما پس از مدتی این باشگاه را ترک کرد و به‌عنوان مشاور به استخدام اتحادیه فوتبال اروپا (یوفا) درآمد و همزمان به‌عنوان کارشناس تلویزیونی هم فعالیت داشت.

او برای اینتر 326 بازی رسمی انجام داد و 42 گل هم به ثمر رساند.